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首個野生大豆高質量參考基因組被解析

2019-03-22 09:07 | 作者: 谷雙雙 陸琦 | 標簽: 野生大豆基因組

近日,香港中文大學林漢明教授團隊及華大基因等多家國內外機構合作完成了全球首個野生大豆高質量參考基因組解析,該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要工具。相關研究成果近日在線發表于《自然-通訊》。

基因組信息是當前作物改良計劃的重要基礎。過往大豆基因組研究主要依賴美國科學家完成的栽培大豆Williams 82 的參照基因組進行,未能深入研究野生大豆獨有的基因信息。雖然有野生大豆的基因組測序報告,但組裝成的基因組包括大量碎片段,具有可讀的基因序列連續性低,未有高質量、可作為野生大豆參考基因組的產生。

“大豆的基因組含大量的重復區,組裝時困難重重,我們整合了幾種最新測序方法產生的大量數據,才最終把問題解決。”林漢明告訴《中國科學報》。

他帶領的團隊在2010年率先完成了31個野生大豆和栽培大豆的測序,說明野生大豆的生物多樣性和基因組研究對了解大豆的重要性;隨后在2014年首次成功利用基因測序方法,獲得野生大豆耐鹽基因并成功應用產生新大豆耐逆品種,提供了改良大豆的新策略。在此次研究中,團隊針對野生大豆W05,應用三代PacBio測序技術、Bionano Genomics雙酶切光學圖譜(OM)和高通量染色體構象捕獲技術(Hi-C)產出的數據,組裝得到染色體級別的參考基因組。

“野生大豆基因組組合在比較基因組和進化研究中可以幫助尋找重要基因,最終實現改良栽培大豆性狀,幫助研發高產、優質、耐逆大豆。希望我們的研究發現能夠對其他科研團隊挖掘大豆的重要基因信息提供較好的參考價值。”林漢明說。

相關論文信息:
www.nature.com/articles/s41467-019-09142-9

來源:科學網

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